14 сентября 1309 года великий магистр ордена Зигфрид фон Фейхтваген провозгласил Мальборк столицей Тевтонского ордена. Замок стал столицей одного из самых могущественных государств на южном побережье Балтики.
Очень скоро оказалось, что для своей новой роли замок недостаточно укреплен. Перестройка и расширение замка длилась почти сорок лет. В результате скромный конвентуальный дом превратился в мощную укрепленную крепость - Верхний замок.
Окруженный глубокими рвами и несколькими рядами оборонительных стен скрывает многочисленные презентабельные помещения, в частности, костел под воззванием св. Девы Марии с пристроенной просвитерией и находящуюся под ним часовню св. Анны – место захоронения великих магистров.
Бывший двор монастыря также был перестроен и превратился в обширный функциональный Средний замок, в котором обычно останавливались рыцари, приезжавшие в Мальборк со всей Западной Европы. Кроме жилых помещений, в Среднем замке располагалась Большая трапезная – самый большой зал в замке с великолепными арочными сводами, инфирмерия для престарелых и больных монахов и Дворец великих магистров.
В XIV и в первой половине XV в.в. была заложена и построена третья часть крепости – Нижний замок, так называемый, Предзамок. В нем размещался специально выстроенный Карван – оружейная палата, где хранились пушки и боевые повозки, амбар на берегу реки Ногат и ряд других хозяйственных построек (литейный двор, конюшни, пивоваренный завод и т.д.). Поблизости находилась часовня св. Лоренца, в которой молилась прислуга замка. Замок окружали оборонительные укрепления с многочисленными башнями, прилегающие к стенам города Мальборка.

Построенный и переоборудованный крестоносцами архитектурный комплекс замка во время польского владения стал приходить в упадок. Содержание в надлежащем состоянии такого огромного оборонительного сооружения было связано с огромными расходами, на покрытие которых постоянно не хватало денег. Об этом упоминается в приведенных выше рапортах. Уже один из первых (1565) описывает трещину в северной стене Большой трапезной. Дефект положил начало проблемам, решение которых было найдено только в настоящее время.

В начале XVII в. в некоторых помещениях Дворца великих магистров размещались королевские палаты. Шведская война не принесла больших разрушений внутри главной крепости. Серьезной угрозой был, однако, случайный поджог крыши Верхнего замка в мае 1644 года. Во время пожара сгорели средневековые галереи. Их быстро восстановили, но в совершенно другом стиле – стиле барокко. В 1647 году была положена новая крыша костела. Ремонт остальных длился очень долго. Это привело к обрушению в 1675 году перекрытий в южном крыле и Капитуле. Только в середине XVIII в. по распоряжению короля Августа II, были построены новые крыши в Верхнем замке, а главная башня была увенчана куполом с фонарем. В 1756-67 г.г. между костелом под воззванием св. Девы Марии и Средним замком, на месте разрушенной Клешей Башни было возведено величественное здание иезуитской коллегии. Этот орден в 1652-1772 в.в. осуществлял опеку замковым костелом. В конце XVII и начале и первой половине XVIII в. строительные работы в Среднем замке ограничивались текущим ремонтом помещений северного крыла, которое использовалось для нужд староства, и восточного крыла для нужд мальборских владений.
В конце июня 1922 года, проработав сорок лет в Мальборке, перешел на пенсию Конрад Штайнбрехт. Его преемником был назначен регентский строительных дел мастер Бернард Шмид (1872-1947), исполняющий одновременно обязанности реставратора архитектурных памятников Западной Пруссии. Под его наблюдением замок приобрел свой окончательный вид.
Еще в 1922 году было закончено восстановление часовни св. Катажины. Спустя четыре года были реконструированы стены и башни больверка Плауена, а в 1931 году были закончены работы по реконструкции ворот Хинденбурга. В межвоенный период в отстроенном и оснащенном неоготической мебелью объекте размещался музей интерьера, в котором посетители могли ознакомиться с функционированием средневекового монастыря и образом жизни монахов. Этой цели служили аранжировки обстановок отдельных помещений: костела под воззванием св. Девы Марии, Зала заседаний, комнат в западном крыле Верхнего замка, кухни конвента, Большой трапезной и т.д.
Политическая обстановка в Германии тридцатых годов наложила свой отпечаток также и на повседневной жизни замка. 1 мая 1933 года на главной башне был водружен флаг Третьего рейха. В замке стали часто устраиваться приемы для высокопоставленных нацистов.
В связи с такого рода событиями в 1934 году возник (к счастью остался нереализованным) проект постройки большого амфитеатра в восточной части замка. 1 сентября 1939 года в Большой трапезной гауляйтор Форстер торжественно объявил о возвращении Германии в давние границы. В этом же помещении в мае 1940 года замок "встречал" Banderiа Prutenorum – копии тевтонских хоругвей из собраний краковского Вавеля.

Во время II Мировой войны зал был свидетелем присягания на верность молодежи, вступающей в ряды Гитлерюгенд и солдат, отправляющихся на Восточгый фронт. В 1941 году было начата подготовка замка к воздушным налетам. В том числе, в сентябре 1944 года была выполнена гипсовая копия Мадонны из костела под воззванием св. Девы Марии и сняты все витражи в этой святыне. И город и замок очень сильно пострадали во время военных действий 1945 года. В результате тяжелых боев боевой группы "Maриенбург" с отрядами 2-й русской Ударной Армии было разрушено почти 80% построек Старого города. Серьезно пострадала также восточная часть замкового комплекса – пресвитерия костела под воззванием св. Девы Марии с мозаикой на сюжет «Мария с младенцем», главная башня, восточное крыло Среднего замка, застройка Предзамка. 8 марта, отступая, немецкие войска взорвали мосты на реке Ногат.
1 января 1961 года был создан Замковый музей. На решение о его образовании повлиял крупный пожар крыши в западном и северном крыле Среднего замка, возникший 7 сентября 1959 года. 3 июля 1965 года в частично реставрированном восточной крыле была открыта выставка изделий из янтаря – которая стала одной из достопримечательностей, привлекающей в Мальборк многочисленных туристов. Большим интересом туристов пользуется также инсценированное представление «Свет и звук», которое устраивается в Мальборке с 1980 года.
В декабре 1997 года замковый комплекс был занесен в список памятников мирового культурного наследия ЮНЕСКО.